Gotická podoba farního kostela

Farní kostel byl vystavěn pravděpodobně v souvislosti se založením městečka, tedy v polovině 13. století. V písemných zdrojích ponejprv připomíná v roce 1364. Představoval neobvyklý typ vrcholně středověkého pevnostního kostela, vyznačujícího se především výjimečnou sílou zdiva. Ta dnes v presbytáři, to znamená v dnešní zákristii, dosahuje skoro 1,7 metru. Kostel byl chráněn poměrně vysokou hradební zdí a mimo jeho chrámovou loď stála pravděpodobně vysoká strážní, či hlásná věž. Obdobný typ rozložení kostela a věže je dodnes uplatněn v nedalekém Pavlově či v Radostíně. Nejstarším zbytkem původního středověkého kostela je dnešní sakristie, připojená za východním závěrem kostela. Představuje gotické čtvercové kněžiště, zaklenuté výjimečně dobře dochovanou žebrovou klenbou do kříže. Počátkem 17. století, za držby statku Janem Chroustenským z Malovar, byla bohdalovská fara spravována nekatolickými, protestantskými kněžími. Potomek majitele, Jan Rafael, významný protestantský příslušník moravského panského stavu, provedl přestavbu středověkého kostela v Bohdalově na protestantskou modlitebnu. Protože se však rod Chroustenských zapojil do protihabsburského povstání, byl mu veškerý majetek zkonfiskován. Tehdy se stal bohdalovský kostel znovu katolickým a filiálním k Měřínu.